De bestanden die je upload met MEGA worden versleutelt 2048-bit RSA-encryptie. Het bedrijf geeft aan dat niemand behalve de uploader van het bestand kan zien wat er in het bestand zit, tenzij hij de private encryptiesleutel met iemand deelt.

Er is veel kritiek op de veiligheid van de encryptie (beveiligings) medthode maar MEGA weerlegt iedere claim en zegt dat de beveiliging erg stabiel is. Wel is het belangrijk om zelf een sterk wachtwoord te kiezen. Mocht je je wachtwoord vergeten dan kun je een nieuw wachtwoord aanvragen maar dan zijn je bestanden in principe niet meer te bekijken. Omdat de versleuteling werkt met je wachtwoord. Omdat het wel mogelijk is om de beveiliging te delen kun je daarna wel weer instellen om je bestanden te zien.

Door de beveiliging is het ook niet mogelijk om miniatuur beeldjes van video en audio bestanden te bekijken.